Struktura organizacyjna
Urzędu Kontroli Skarbowej w Warszawie

• Główny Księgowy
• Referat księgowości
• Referat kadr, szkolenia zawodowego i spraw socjalnych
• Referat obsługi prawnej
• Jednoosobowe stanowisko pracy ds. kontaktów z organami ścigania
• Oddział informatyki
• Pełnomocnik ds. ochrony informacji niejawnych
• Sekcja ds. ochrony informacji niejawnych
• Referat kontroli wewnętrznej
• Jednoosobowe stanowisko pracy ds. audytu wewnętrznego
• Jednoosobowe stanowisko pracy ds. BHP
• Jednoosobowe stanowisko pracy ds. komunikacji
• Pełnomocnik ds. kontroli zarządczej
• Wydział spraw administracyjno-gospodarczych
• Oddział spraw administracyjno-gospodarczych
• Referat kancelaryjno-sekretarski

• I Wydział kontroli podatkowej
• Wydział analiz i planowania
• Oddział analizy ryzyka
• Oddział ds. planowania i sprawozdawczości   
• Odział postępowań przygotowawczych
• Wydział wywiadu skarbowego
• II Wydział kontroli podatkowej w Siedlcach
• Sekcja spraw administracyjno-gospodarczych w Siedlcach

• I Wydział audytu środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej oraz innych źródeł zagranicznych
• II Wydział audytu środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej oraz innych źródeł zagranicznych
• III Wydział audytu środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej oraz innych źródeł zagranicznych
• Oddział kontroli środków publicznych
• Oddział ds. kontroli sprawdzających, przesłuchiwania świadków i czynności zleconych

• IV Wydział kontroli podatkowej
• V Wydział kontroli podatkowej
• XI Wydział kontroli podatkowej
• III Wydział kontroli podatkowej w Płocku
• Sekcja spraw administracyjno-gospodarczych w Płocku

• VIII Wydział kontroli podatkowej
• IX Wydział kontroli podatkowej
• X Wydział kontroli podatkowej
• VI Wydział kontroli podatkowej
• XII Wydział kontroli podatkowej w Ciechanowie
• Sekcja spraw administracyjno-gospodarczych w Ciechanowie